Le Temple était gnostique johaniste et nombre de ses symboles sont à rechercher dans le livre de 1'Apocalypse. Là aussi, 1'essentiel de la doctrine est divulgué oralement par un cercle intérieur au frère dûment préparé et initié.

L'association des deux saints Jean, le Baptiste et l'Evangéliste, aux deux solstices de l'année, est à rapprocher de la formation de la croix pattée templière. Ils évoquent aussi les deux initiations dispensées : par 1'eau, le baptême aquificateur que 1'on vous administre, et par le feu, le baptême purificateur que l'on s'administre.

Sceau des templiers

Cette nature double de 1'initiation s'exprime aussi dans l'un des principaux sceaux du Temple où l'on voit deux chevaliers sur un même cheval.

Ce sceau, très controversé, fut repris lors de leur accusation pour étayer la thèse de sodomie.
Le cheval évoque Pégase, envoyé des dieux dont le message est incompréhensible aux profanes, et dont les jeux de mots de 1'époque font que cavale devient cabale phonétique.
Le sceau évoque la tripartition en 1'être de l'esprit, de l'âme et du corps ici symbolisé par le cheval, véhicule de l'âme et de l'esprit. II exprime aussi les deux colonnes du temple que sont la sagesse et la droiture

Sceau du Gonfanon Baussant

Le Gonfanon Baussant, emblème du Temple qu'il était défendu d'abandonner tant il était tenu pour essentiel, formé du carré de l'échiquier, indique que l'on passe de la lumière a 1'obscurite et de 1'obscurité à la lumière, illustrant ainsi le cycle des réincarnations.

Selon Appel-Guéry, il exprime aussi 1'idée que, pour aller d'un plan à un autre, il faut être capable d'abandonner le paradis de ce plan pour aborder 1'enfer du suivant.